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南华大学由中南工学院与衡阳医学院于2000年3月合并组建，2002年10月，核工业第六研究所并入。
中南工学院的前身是1959年创办的衡阳矿冶工程学院，衡阳医学院的前身为创建于1958年的湖南省衡阳医学院。学校由工业和信息化部、生态环境部、国家卫生健康委员会、国家国防科技工业局、中国核工业集团公司与湖南省人民政府共建，是湖南省国内一流大学建设高校，是国家中西部高校基础能力建设工程支持建设高校。
1986年，学校获批硕士学位授权单位，2003年获批博士学位授予单位，增列核技术及应用、病理学与病理生理学2个二级学科博士学位授权点，并成为临床医学硕士专业学位培养单位;2011年新增基础医学、矿业工程和安全科学与工程3个一级学科博士学位授权点，新增17个一级学科硕士学位授权点;2014年新增5种硕士专业学位授权类别;2017年，新增核科学与技术和临床医学2个一级学科博士学位授权点、5个一级学科硕士学位授权点和4种硕士专业学位授权类别;2019年新增护理学一级学科硕士学位授权点;2022年新增特种医学、环境科学与工程2个一级学科硕士学位授权点;2024年新增土木工程、公共卫生与预防医学、临床医学(专博)一级博士学位授权点3个，硕士专业学位授权类别1个。在长期办学历程中，学校形成了鲜明的“核特色”、“医品牌”和“环保优势”，是一所以工学、医学为主，哲学、经济学、法学、文学、理学、管理学、艺术学等9大学科门类协调发展的综合性大学。
学校临床医学、化学、工程学、药理学与毒理学、生物学与生物化学、材料科学、环境科学与生态学、分子生物学与遗传学等8个学科进入ESI全球排名前1%，核科学与技术入选“世界一流培育学科”。
学校现有一级学科博士后科研流动站5个，一级博士学位授权点8个，一级学科硕士学位授权点26个，硕士专业学位授权类别20种，研究生协作培养单位27个。学校拥有一流的核医科研平台，其中国家级平台9个，省级平台84个。学校现有研究生导师1811余人，其中长江学者特聘教授、国家杰出青年基金获得者、国家重点人才计划专家、国家高层次人才特殊支持计划专家、国家级突出贡献中青年专家、享受国务院政府特殊津贴专家等100余名，湖南省芙蓉学者、百人计划专家、杰出青年等152名。
学校具有推荐免试攻读研究生学位资格(硕士、博士)，在校博、硕士研究生7448人。
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