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防伪税控系统企业应在纳税申报期限内将抄有申报所属月份纳税信息的IC卡和备份数据软盘向主管税务机关报税。
防伪税控企业和未纳入防伪税控系统管理的企业取得的防伪税控系统开具的专用发票抵扣联，应据增值税有关扣税规定核算当期进项税额，如期申报纳税，属于扣税范围的，应于或前报主管税务机关认证。
主管税务机关应在企业申报月份内完成企业申报所属月份的防伪税控专用发票抵扣联的认证。对因褶皱、揉搓等无法认证的加盖“无法认证”戳记，认证不符的加盖“认证不符”戳记，属于利用丢失被盗金税卡开具的加盖“丢失被盗”戳记。认证完毕后，应将认证相符的和无法认证的专用发票抵扣联退还给企业，并同时向企业下达《认证结果通知书》。对认证不符和确认为丢失、被盗金税卡开具的专用发票，将及时组织查处。
认证戳记式样由省级税务机关统一制定。
防伪税控企业应将税务机关认证相符的专用发票抵扣联连同《认证结果通知书》和认证清单一起按月装订成册备查。
经税务机关认证确定为“无法认证”、“认证不符”以及“丢失被盗”的专用发票，防伪税控企业如已申报扣税的，应调减当月进项税额。
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